绪三十三年（1907年）七月，一道谕旨将袁世凯内调军机处。军机处是清代最高权力机构，汉人能做到军机大臣便是登峰造极，但袁世凯心里并不高兴，因为官虽升了，实权却没有了，尤其是他苦心孤诣经营多年的北洋军队也被迫交了出去。然而，这还不算是最坏的结果。光绪三十四年（1908年）秋，光绪帝和西太后先后驾崩，于是，一场真正的噩运终于降临到了他的头上。
公元1908年12月2日，宣统皇帝溥仪登基后，除掉袁世凯的计划便在暗中进行起来。关于这段历史的记载，各种传闻和说法很多，虽然基本事实大致相同，但细节上出入很大。
袁世凯被罢是在公元1909年1月2日。铁良（时任陆军部尚书）之子穆瀛回忆说，他听他父亲讲，那天讨论办袁时，隆裕太后单独召见军机领班奕劻，当时摄政王载沣在一边。奕劻入内后，太后拿出先帝手敕，要求严办袁世凯。庆王伏地不语，太后发火道：“你不说话，是何意？”奕劻赶紧奏道：“请召汉大臣议。”接着又说：“张之洞在值未退。”
太后很不高兴，便斥退庆王，把张之洞召了上来。张之洞向与袁氏不和，太后本以为他会同意办袁，没想到张之洞并没这样做，反倒主张幼主刚刚登基，时局艰难，此时诛杀前朝重臣，恐不利于社稷，不如改为驱逐出京。太后默许，遂有袁世凯回籍养疴之谕。
穆瀛回忆中提到的那份“先帝手敕”，据说是光绪皇帝临终前留下的密诏。他在驾崩前一天晚上交给隆裕太后，隆裕一直藏在身上，秘而不宣，直到宣统登基后才拿出来交给摄政王。据说这份密诏长约三百字，开头是“朕醇贤亲王之长子也，后有袁世凯罪恶昭著，擢发难数，即应斩决”云云。
这种说法流传甚广，但密诏是否存在，一直是个悬案。因为谁也没有见过，就连摄政王载沣之弟载涛也无法证实。他在回忆中说，至于传闻之说，如光绪临危拉着载沣的手，叫他杀袁世凯，又如隆裕面谕载沣杀袁给先帝报仇等等，载沣生前并没有向他说过，或许是他保密的缘故。因此，是否真有其事，他也无从判断了。
不管密诏是否存在，但光绪帝忌恨袁世凯却是事出有因。戊戌年，袁世凯背叛了光绪帝，从而导致百日维新失败，光绪也被囚瀛台凄惨而终。这种仇恨不共戴天。何况还有一种说法，说光绪帝的死也与袁世凯有关，是他在药中做了手脚，害怕光绪死在太后之后遭到报复。这种说法同样没有证据，让人真假难辨。
据宣统皇帝溥仪回忆，他曾听见一个叫李长安的老太监说起光绪之死的疑案。照他说，光绪在死前一天还是好好的，只是因为用了一剂药就坏了，后来才知道这剂药是袁世凯使人送来的。据内务府某大臣的一位后人告诉他，光绪死前不过是一般感冒，他看过那些药方，脉案极平常，前一天还有人看到他像好人一样，站在屋里说话，所以当人们听到光绪病重的消息时都很惊讶。更奇怪的是，病重消息传出不过两个时辰，就听说已经“晏驾”了。因此溥仪说：“总之光绪是死得很可疑的。如果太监李长安的说法确实的话，那么更印证了袁、庆确曾有过一个阴谋，而且是相当周密的阴谋。”
溥仪作为皇帝，也对这种传闻半信半疑，可见光绪死于谋害的说法影响不小。因此，无论从戊戌旧案，还是从害死光绪的嫌疑来说，处死袁世凯都在情理之中。然而，尽管隆裕太后和摄政王载沣有意杀掉袁世凯，但袁世凯最终还是逃脱一死。其中原因很多。最为盛行的说法便是张之洞保奏的结果，诸如上边穆瀛所说。另据胡嗣瑗（曾任翰林院编修）言，他曾见过内阁旧档。原来处置袁世凯的谕旨中用朱笔写有“居心叵测，着拿交法部严讯”等语，但旁边有人用墨笔旁注为“以足疾放归”。这墨笔旁注者便是张之洞。但这类说法并未得到张之洞本人的证实。后来，有人向张之洞求证此事，“张亦不明言”。
还有一种说法认为，袁世凯幸免一死，是时任军机大臣世续“力争”的结果。据说世续在隆裕太后和摄政王载沣召见时，极力为袁世凯说情，从而使袁“仅得开缺回籍”的处分。
当然，有保袁的，也有要杀袁的。极力主张杀袁的有肃亲王善耆、镇国公载泽和恭亲王溥伟。他们都力主坚决干掉袁世凯，否则养痈遗患，后害无穷。当然，隆裕太后和摄政王一开始也是赞成的。溥仪回忆说，当时摄政王为了杀袁世凯，曾想照学一下康熙皇帝杀大臣鳌拜的办法。康熙的办法是把鳌拜召来，赐给他一个座位，那座位是一个只有三条好腿的椅子，鳌拜坐在上面不提防给闪了一下，因此构成了“君前失礼”的死罪。帮助摄政王制定这个计划的是小恭亲王溥伟。溥伟有一柄咸丰皇帝赐给他祖父奕的白虹刀，他们把它看成太上宝剑一样的圣物，决定由溥伟带着这把刀，做杀袁之用。一切计议停当了，结果被张之洞等人劝阻住了。
这样的结果出乎很多人的预料。其实，就当时的情形而言，无论是张之洞，还是世续，都不可能左右大局。真正的原因还在于隆裕和载沣过于软弱，这才造成了后来的结果。
据载沣的胞弟载涛回忆