陈列室，这里陈列着该馆1985年建馆时，从纪念馆所在地的江东门“万人坑”中挖出的部分遇难者遗骨。1998年4月以后，又从该馆所在地的江东门“万人坑”内新发掘出208具遇难者遗骨（表层土层中），这批万人坑遗骨经过法医学、医学、考古学、历史学者的严格鉴定，被确认为南京大屠杀遇难者遗骨，是侵华日军南京大屠杀暴行的铁证。呈墓穴形状且半地下的史料陈列大厅内陈列着1000余件珍贵的历史照片、文物、图表和见证资料，并配有中、英、日文字说明。采用灯箱、沙盘、泥塑、油画、复原景观、多媒体触摸屏、电视和电影（厅内近200座位的电影放映厅全天用中、日、英三种文循环放映日军南京大屠杀暴行史料纪录片）等多种陈列手段，再现南京大屠杀的悲惨历史，揭露倭国军国主义者的血腥暴行。此外，该馆院内还有约翰-拉贝日记资料展览和东史郎日记案资料展。这两个展览用大量珍贵的史料、照片，分别从一个德国人当年在南京所记录的日军暴行和一个曾参加南京大屠杀的日军士兵所记的日军暴行史实，再次真实具体地向人们展示了日军南京大屠杀的历史真相，这是一个真实的历史记录和特殊的证言展览。“前事不忘，后事之师，以史为鉴，开创未来”。该馆现在已成为国际间祈祷和平与历史文化交流的重要场所；同时也是“全国中小学爱国主义教育基地”、“全国青少年教育基地”和“全国爱国主义教育示范基地”。
母亲和大部分美女在参观了图片站和电影史料后便不愿意去“万人坑”看了。大奇也能明白，她们害怕看见那些死难者的遗骨。最后，只有大奇、祺雯、倩如、春晓、玉楼和马儿参观了“万人坑”。大奇参观完纪念馆后骂了句：“小倭国，我操你十八辈子的祖宗！”他的老婆们听后都笑了起来。祺雯说道：“老公，息怒，息怒！这倭国人是够可恶的！”春晓说道：“现在他们的首相还拜靖国神社，简直是变态！”马儿也说道：“对倭国永远要堤防！”
南京总统府。总统府，迄今已有600多年的历史。明朝初年曾是归德侯府和汉王府。清朝为江宁织造署、江南总督署、两江总督署。清朝康熙、乾隆皇帝下江南时均以此为“行宫”。1853年3月太平军占领南京，定都天京，洪秀全在此兴建了规模宏大的太平天国天朝宫殿（天王府）。清军攻破南京后，焚毁宫殿建筑，于同治九年（1870）重建了两江总督署。林则徐、曾国藩、李鸿章、刘坤一、沈葆桢、左宗棠、张之洞、端方等均任过两江总督。1911年10月辛亥革命爆发后，1912年1月1日，孙中山在此处宣誓就任中华民国临时大总统，并组建了中国历史上个共和制的国家政权──中华民国临时政府。1912年4月，临时政府结束，在这里成立了以黄兴为留守的南京留守府；1913年“二次革命”中，又成为讨袁军总司令部，黄兴、何海鸣先后任司令。1913年至1927年，这里先后成为江苏都督府、江苏督军署、江苏将军府、江苏督办公署、副总统府、宣抚使署、五省联军总司令部、直鲁联军联合办事处等机构。军政主官有程德全、张勋、李纯、齐燮元、卢永祥、冯国璋、孙传芳、杨宇霆、张宗昌等人。1927年4月南京国民政府成立后不久，即于9月移驻这里办公。1928年10月，国民政府实行“五院制”，辟国民政府东院（东花园）为行政院办公处，国府西院（西花园）为国民政府参谋本部和主计处。至1937年11月，谭延闿、蒋介石、林森先后任国民政府主席；谭延闿、宋子文、蒋介石、陈铭枢（代理）、孙科、汪精卫先后任行政院长；李济深、何应钦、朱培德、蒋介石、程潜先后任总参谋长；陈其采为主计长。1937年12月南京沦陷后，国民政府先后成为日军第16师团部和伪维新政府行政院，以及汪伪政府的立法院、监察院和考试院；国府东院成为伪交通部、铁道部等机构；国府西院成为伪军事参议院。1946年5月，国民政府“还都”南京后，这里仍为国民政府所在地。东花园成为国民政府社会部、地政部、水利部和侨务委员会；西花园则成为国民政府主计处、军令部，总统府军务局、首都卫戍总司令部。1948年5月20日，蒋介石、李宗仁在“行宪国大”分别当选总统和副总统后，国民政府改称总统府。1949年4月23日南京解放，24日，中国人民解放军占领总统府。从此，揭开了中国历史新的一页。南京解放后的近50年中，总统府一直作为机关的办公场所。自20世纪80年代以来，机关单位陆续搬迁，并于1998年在总统府旧址之上，开始筹建南京中国近代史遗址博物馆。经过精心的规划和五年的建设，至2003年已初具规模。目前，博物馆总占地面积为9万平方米，共分三个参观区域。中区（中轴线）主要是国民政府、总统府及所属机构；西区是孙中山的临时大总统办公室、秘书处和西花园，以及参谋本部等；东区主要是行政院旧址、马厩和东花园。一系列展馆和史料陈列，则分布在这三个区域中。总统府具有诸多保存完好的近代中西建筑遗存，国内独一无二且厚重的历史文化氛围，珍贵的文物和史料，风景优美的自然