应用到军事、农事和工事上，受到朝廷不少表彰；理学的学者们在有影响力的论刊和报纸上陆续发表文章宣扬学说，又与其他学派进行辩论，宣扬理学；以格物和自然认识为主的杂志的读者群越来越大；后来新创的杂志引起的探索者团队的火热，等等，这使理学名声宣扬的同时影响也日益扩大，吸收了越来越多的学子加入到格物学科。
至大宪十二年时，理学创建已达二十年，从最初幼嫩的花骨朵长成了历经风霜的花树。
但是，与新学、程学、温学这三大学派相比，理学还是弱势学派。
虽然理学的名声已经很广，影响范围也很大，但是真正尊崇理学的儒生却不及新、程、温三学。
一个主要原因，就在格物之理上。大多数儒家不认同理学的格物之理是儒学，对此一直有攻讦，包括书院内的很多儒经夫子都不认同，而外部大环境更是重经义轻物理。另外，杂志扩大格物学科的影响的同时也给理学带来一个负面影响——使天下读书人产生了一种误解，认为理学就是“格物之理”的学派，而理学的究天人之理和道德性命之理反而被忽视了，或者说被格物之理遮蔽了。
这对理学的发展显然是不利的。
作为理学三位学派领袖之一，名可秀不由反思，对理学的定位是否出现了偏差？
在理学高层的讨论会上，苏澹、蔡发这两位学派领袖认为理学太全了，形而上、中、下三者皆具，这使理学的包容性很强，但是，万有不齐，物理自然不同，如何从物理各异之中求得一个统一的天理？这是理学还没能解决的问题。
苏澹道，天理是一，而物理是多，在现实的存在之中，如何从这物理之多中识得天理之一，如果用格物致知的方法，就事事物物去穷理，以期用力久之，而一旦豁然贯通，“则众物之表里Jing粗无不到，而吾心之全体大用无不明矣”，这显然是主观的唯心论，易陷入自大、狂妄。
蔡发道，从物理中见天理，从主观唯心上来讲是可行的，但是在存在的实践中根本就是无效的，人生有限，如何可穷尽物理，又将不同物理贯通为一？这完全是思想的事情，而不是存在的事情——“格万物而致知天理人性”，只是在思想逻辑上合理，在实践中却无效。
沈元、陈旉、陆宸、周执羔这几位理学执事则从另一个方面讲显现的弊病——因格物致知物理较之格物致知天理、道德性命之理更易出成果，目前在格物学子中已经出现了重物理而轻道德心性的迹象了。
为此，苏澹认为，为了理学的发展，并使学子思想不入歧途，应将“格物之理”剔除于理学之外。沈元、陈旉、陆宸、周执羔等人则反对，认为这会使正在兴起的格物学科遭受很大打击，本来就是“少数人的学科了”，很可能经此重新陷落下去。
两方各执意见，在理学内部引发了争论。
事实上，这个争论不仅仅是涉及“格物之理”在理学的去留，其实质是争论格物致知的内涵意义，以及形而上下的道器、体用之争，这两者都是儒家一直争论的议题。
其中，道器、体用，说的都是一件事。
孔子曰：“形而上者谓之道，形而下者谓之器。”——形而上的道是抽象的本质和一般规律，称为道、体；形而下的器是具体事物和现象，称为器、用。
理学内普遍认同，形而上之道寓于形而下之器中，所以道在器中，体在用中。但是，在二者的先后关系以及是否可分离上，学派内产生了分歧。
苏澹、蔡发、金安节、苏行冲、陈子卿等人认为，道是宇宙的本体，道主宰器，形而上在形而下之先，因此：虽然道在器中，体在用中，但二者不相杂，可以分离。
沈元、陈旉、陆宸、周执羔等反对派则认为，“有形，而后有形而上”，形而下之器是形而上之道的基础，因此：道不离器，体不离用，不能分割，唯有主次。
因为学者们的分歧，理学内部分成了三派，其中没有明确表态的一派是中立派。
名可秀属于没有明确表态的中立派，但在两派的争论中，她的思想也经历了一个碰撞、反思和转折。
理学内部的争论持续了三年，直到蔡发去世还没有定论。因为学者们的分歧，已经对理学的发展造成了影响，虽然这个影响还没有显形于外，但内部学者团体已出现了对立的迹象，如果不解决这个争端，很可能会造成理学的分裂。
名可秀这些年一直在著写，但并不是闭门造车，理学的两个议题之争她一直在关注，随着她中庸思想的深入，也在反复思考她释义的格物致知和理学的道器之争。
与其他学者相比，名可秀有一个长处，就是宏观与系统能够很好结合，也即是说，她的抽象思维和理性思维的结合比任何一位儒家学者都要强。
儒家学者们，包括创始人孔子在内，都是以抽象思维见长，理性思维相对较弱。只有像沈元、陈旉、高宣、陆宸这些长年致力于物理和应用的儒家学者才具有比较强的理性思维，但这类儒家学者比较少，而他们的抽象思